Закрыть доступ всем, кроме своего IP. Для этого редактируем файл /etc/apache2/conf.d/phpmyadmin.conf. В секцию <Directory /usr/share/phpmyadmin> добавляем инструкции:
Order Deny,Allow Deny from all Allow from 000.000.0.0 #Ваш Ip адрес с которого будет доступ к интерфейсу