Когда на ваш сайт приходит много трафика — размеры логов неумолимо растут, ограничиваем время хранения логов.
/etc/logrotate.d/
В этой папке все конфиги которые есть для logrotate, выбираем какой нужно, мне требовалось уменьшить количество логов по сайтам, у меня это nginx, по умолчанию стоит значение 52 дня хранения старых логов, меняем на приемлемое для себя.
logrotate -f /etc/logrotate.d/nginx
Принудильно перезапускаем ротацию
И не забываем очистить папку с логами
/var/log/apache2/domains
Если удаление производится полностью логов — нужно перезапустить nginx, чтоб он проверил лог файл, и пересоздал его, если его не существует.